"[...]faire une application qui s'intégre bien dans Gnome, le tout réalisé dans l'élégant langage qu'est le Java [...] générer un exécutable natif sous linux [...] qui compile avec GCJ (de toutes façon, vous avez déjà vu Gnome sous Windows???).

C'est la mon erreur : je savais très bien que gnome existait sous Windows, mais je n'avais jamais vraiment essayé…
Alors voila chose faite ! Grâce à Cygwin + CyGnome.

Explication : Cygwin est un environnement linux sous windows (donc pas de kernel linux mais Bash, Gcc, Vi etc.. recompilé sous windows).

CyGnome c'est tout simplement Gnome recompilé en natif sous windows grâce à Cygwin. Bien évidement on bénéficie pas des avantages du noyau Linux et des nouveautés, mais j'ai enfin un explorateur (Nautilus) avec un thème GTK qui a de la gueule (et puis je peut utiliser mes commandes linux préféré comme GCJ pour recompiler mon appli sous Windows )

Bref, tout pour faire une application qui s'intégre bien dans Gnome, le tout réalisé dans l'élégant langage qu'est le Java , et tout en pouvant bénefficier du très puissant IDE Eclipse. Et puis le fin du fin, c'est de générer un exécutable natif sous linux à l'aide d'un script ANT qui compile avec GCJ (de toutes façon, vous avez déjà vu Gnome sous Windows???).

Alors, après une petite soiré de dev, j'ai réalisé un petit carnet d'adresse en Java compilé en natif :

Vous pouvez télécharger les sources ici et les binaires ici. 

Bien évidement, la question se pose pas mal dans la communauté : les futures applications Gnome… en C++, Java ou Mono ?